目前，南京市各级劳动争议仲裁委员会和各级人民法院对于劳动者主张加班工资的仲裁请求和诉讼请求的时效均认定为一年。一年的起算时间为劳动者申请劳动仲裁的时间向前推算一年。例外的情形包括：《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第二款、第三款。但是上述规定只是对于仲裁时效中断、中止的法律规定，对于加班工资的保护期限究竟是几年未作出明确的规定，以往南京的司法实践是，对于加班工资的请求，劳动争议仲裁委员会按照原仲裁时效60日为保护期限标准，但任何一方不服裁决起诉至法院的，法院依据工资支付条例关于工资账簿至少保存两年的规定一般确认加班工资的保护期限为2年，因此很多劳动者为了加班工资的诉求得以最大程度的实现，往往无视劳动仲裁。2008年5月1日，劳动争议调解仲裁法实施后，目前南京司法实践中对于劳动者主张加班工资的请求，劳动争议仲裁委员会和人民法院已统一确认加班工资的保护期限为一年。

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    《劳动争议调解仲裁法》第二十七条 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

    前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

    因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

    劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。